Их пощадили потому, что их мать стала любовницей Киёмори.

Это тоже часть тех самых обычаев, от соблюдения которых не может отступить Ходзё. Ёритомо и Ёсицунэ не могут отступить от обычая мести. Им некуда отступать. Тайра вырезали почти всех Минамото, потом Минамото вырезали всех Тайра. Практические выводы из "Хэйкэ-моногатари": надо резать всех, чтобы не осталось мстителей. Минамото так и сделали. Впоследствии это повторялось не раз.
Никому в голову не приходит ни просить прощения, ни прощать.
Чтобы из Рокудая не вырос второй Ёсицунэ, его и убивают.