во-первых, это нам с Вами понятно, потому что (я полагаю) из нас не растили девиц , для которых высшая ценность - повиновение и смирение (причем смирение в каком-то изуверском смысле). Т.е. даже если эти конкретные девицы и не соблюдали эти добродетели, идеал у них внутри сидел. Т.е. чтобы бунтовать, надо через себя переступить. Меньше всего этого смирения было у Бернадетт, но и она из сиротского приюта, т.е. модель была ей знакома с детства, проще всего было в нее встроиться.

во-вторых, чтобы организоваться и протестовать - нужно время, им там, насколько я понимаю, запрещали разговаривать, а организаторов отслеживали и наказывали.

в-третьих, если у человека до того, как его начнут пробовать на излом, не было случая наработать себе самооценку, уверенность в себе и т.п., то унижения, избиения, промывание мозгов и пр., в т.ч. от значимых людей, быстро эту самую самооценку опускают, и даже не веришь что что-то сам можешь сделать. А пока ты один, а монахинь и послушных девиц много, заломать и держать, пока тебя будут пороть, есть кому.

ну и, наконец, судя по википедии, весь этот институт более-менее поддерживался государством, т.е. беглянок вполне ловили и возвращали, сами госорганы туда девушек направляли, т.е. есть ненулевая вероятность, что для подавления бунта была бы привлечена полиция с известным результатом для зачинщиков...