Феофил из них сформировал личную гвардию, а Кирилл пользовался ими при вооруженных столкновениях с людьми префекта, при изгнании евреев из города, при столкновениях с сектантами.
И, если верить источникам (лексикону "СУда" и т.д.), то убийство совершили именно они. И не были наказаны. Собственно, епископ только заявил, что случившееся произошло не его волей, но даже порицания никому не высказал.
Почему верить Иоанну? Он также был епископом Александрийским (хотя он вообще-то копт), относился к Кириллу с крайним пиететом, полностью разделял его "внешнюю" политику. Зачем ему врать? Тем более, что гонения на математиков и систематическое обвинение их и астрономов в колдовстве подтверждаются другими источниками (отметим, что александрийская школа астрономии астрологией _не_ занималась, так что добросовестной путаницей эти гонения не объяснишь).
Сократ - относительно добросовестный хронист, изо всех сил отстаивающий престиж церкви. Поскольку расследование не проводилось, _доказательств_ прямой или косвенной вины Кирилла действительно не было. Вот он и мог об этом не говорить. Он же все время "обтекает" углы. Посмотрите, как он описывает дело Аммония.

Кстати, опять штуки русского перевода. У Сократа вообще-то написано, что убийство Ипатии доставило Кириллу и александрийской церкви не "немало скорби", а "немало позора".(Не верите мне, проверьте в Католической энциклопедии - там-таки тоже "disgrace", а уж их-то в предвзятости не обвинишь.)

А Ипатию действительно в городе любили за исключительную доброту и добропорядочность. Среди ее учеников было немало христиан, она - как и большинство последователей Порфирия - вообще не делала никаких конфессиональных различий.

С уважением,
Антрекот