Ген SRY отвечает за формирование мужского _фенотипа_, т.е. как это выглядит при взгляде снаружи. При счете хромосом в митоз или мейоз мы увидим таки две Х хромосомы, которые из клеток никуда не делись (вы сами пишете, что генетически Адам - девочка). В этом, собственно, суть синдрома де Ля Шапеля.
По крайней мере, так это смотрится для человека с естественнонаучным образованием (я не биолог и не генетик).